Savonlinnan maakuntamuseo tekee resurssiensa puitteissa myös tutkimustyötä sekä yhteistyötä muiden Etelä-Savon ja Saimaan historiaa ja perinnettä tutkivien ja tallentavien tahojen kanssa.
Etelä-Savossa noin 40 museota, joista ammatillisesti hoidetut museot sijaitsevat Mikkelissä ja Savonlinnassa. Savonlinnan maakuntamuseo antaa virkatyönä ohjausta ja neuvontaa maakunnan sivutoimisesti hoidetuille kunnallisille museoille sekä yhdistysten ylläpitämille museoille.
Savonlinnan maakuntamuseo on erikoistunut Saimaan kulttuurihistorian ja erityisesti Saimaan purjehdushistorian tallentamiseen ja tutkimukseen. Kokoelman helminä ovat höyrykuunari Salama, matkustajahöyrylaiva Savonlinna ja höyrylotja Mikko.
Savonlinnan maakuntamuseo suojelee ja tutkii Etelä-Savon arkeologista kulttuuriperintöä yhdessä Museoviraston ja muiden viranomaisten kanssa.
Kulttuuriympäristöön kuuluvat arkeologinen kulttuuriperintö, rakennettu kulttuuriympäristö ja perinnemaisemat.